Introduction

Ce tutoriel vous permettra de mieux appréhender le workflow des indicateurs “champs de blocs”. Cela vous aidera à comprendre les effets des changements globaux et locaux sur les habitats marins, et l’efficacité des mesures de gestion adoptées, nécessite un suivi standardisé et des indicateurs robustes et sensibles reflétant l’état des habitats.

L’habitat “champs de blocs médiolittoraux” abrite une grande diversité de micro-habitats et d’espèces en raison de sa forte hétérogénéité structurelle et de sa position intermédiaire sur l’estran, ce qui en fait l’un des habitats médiolittoraux les plus diversifiés et d’un grand intérêt écologique le long de la Manche. -Côte atlantique. C’est aussi un habitat très attractif pour la pêche récréative qui, par le remaniement des blocs, peut impacter les communautés. Ainsi, l’habitat « champs de blocs médiolittoraux » a fait l’objet de plusieurs initiatives nationales et locales (dont LIFE+ « Expérimentation pour une gestion durable et concertée de la pêche à pied de loisir en France » 2013-2017) pour mieux évaluer son état et le mettre en relation avec la pression de la pêche à pied en vue d’adapter la gestion locale, notamment à travers le réseau des Aires Marines Protégées (Natura 2000, PNM, PNR etc.).

Ces projets ont notamment permis de développer un réseau d’acteurs et de gestionnaires de terrain impliqués et des outils d’évaluation de l’état écologique et de la pression de la pêche à pied :

• le Visual Boulder Turning Indicator (VTI), qui s’apparente à un indicateur « paysage » pour évaluer la pression de pêche sur la base de critères architecturaux ;
• le Boulder Field Ecological Quality Index (BFEQ) - objet de ce rapport - basé sur des variables biotiques et abiotiques qui répondent à la perturbation “blocs retournés”.

Ici, nous allons passer en revue les différentes étapes afin d’obtenir ces 2 indicateurs et plus encore.

Agenda: Dans ce tutoriel, nous allons couverir:

1. Introduction
2. Centraliser les données
3. Calcul de l’indicateur visuel de retournement de blocs pour chaque site
   1. IVR
4. Calcul du coefficient de dissimilarité pour chaque site
   1. Dissimilarité
5. Conclusion

Détails: Rapide introduction sur le fonctionnement de Galaxy

Vous pouvez quitter le didacticiel et aller vous prélasser sur l’écran principal en cliquant en dehors de l’écran du didacticiel. Vous pouvez revenir à tout moment là où vous avez laissé le didacticiel en cliquant sur level.

En pratique: Se connecter à Galaxy

1. Ouvrez votre navigateur internet préféré (Chrome, Safari ou Firefox, s’il vous plaît, pas Edge ;) !!!)
2. Rendez-vous sur votre instance Galaxy
3. Se connecter ou s’enregistrer

<figcaption>Figure 1: Galaxy homepage</figcaption>

Cette capture d’écran présente l’instance Galaxy Ecology, accessible à l’adresse usegalaxy.eu

La page d’acceuil de Galaxy est divisée en 3 parties:

• Les outils sur la gauche
• La panneau de visualisation au milieu
• L’historique des analyses et l’ensemble des fichiers utilisés et générés sur la droite

<figcaption>Figure 2: Explication de l’interface Galaxy</figcaption>

La première fois que vous utiliserez Galaxy, il n’y aura aucun fichier dans votre panneau d’historique.

Concentrons-nous maintenant sur notre workflows d’analyse sur l’état écologique de champ de blocs

<figcaption>Figure 3: Workflow</figcaption>

Centraliser les données

Hands-on: Choose Your Own Tutorial

This is a "Choose Your Own Tutorial" section, where you can select between multiple paths. Click one of the buttons below to select how you want to follow the tutorial

Vos données ESTAMP sont prêtes ?

Oui Non

En pratique: Télerversement des données dans Galaxy

1. Importer les données dans Galaxy

• Ouvrir l’outil Galaxy de téléversement de données galaxy-upload
• Sélectionner Choose local files

  <figcaption>Figure 4: téléverser vos données</figcaption>

• Naviguez dans votre ordinateur et récupérez vos fichiers ESTAMP (sélectionnez les trois fichiers mentionnés précédemment : champbloc_ivr.csv, champbloc_qecb.csv et ficheterrain.csv)

• Cliquer sur Start

  <figcaption>Figure 5: Lancer le chargement des données</figcaption>

• Cliquer sur Close

  <figcaption>Figure 6: Fermer</figcaption>

  Vous devez attendre que les données de votre historique s’affichent en couleur verte sur le panneau de droite avant de pouvoir les utiliser.

  <figcaption>Figure 7: Jeux de données prêts</figcaption>

Astuce: Création d'un nouvel historique analytique

Créez un nouvel historique pour ce tutoriel et donnez-lui un nom (exemple : “Indicateurs de blocs de champs”) pour que vous puissiez le retrouver plus tard si besoin.

Click the new-history icon at the top of the history panel.

If the new-history is missing:

1. Click on the galaxy-gear icon (History options) on the top of the history panel
2. Select the option Create New from the menu

Calcul de l’indicateur visuel de retournement de blocs pour chaque site

Basé sur la proportion de blocs « tournés » et « non tournés », cet indicateur varie de 0 à 5 et peut être rapidement utilisé.

Astuce: Comment accéder à l'outil ?

En pratique: Utilisation 'un outil Galaxy

1. cliquer sur le lien de l’outil IVR Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/ecology/cb_ivr/cb_ivr/0.0.0 ou taper ivr dans le module de recherche du panneau d’outils (en haut à gauche) L’outil sera affiché dans le panneau central Galaxy.

IVR

Rendez-vous sur le formulaire de l’outil IVR

En pratique: Calculer l'indice IVR

1. IVR Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/ecology/cb_ivr/cb_ivr/0.0.0 avec ces paramètres :
   • param-file “Input champbloc_ivr.csv”: input (champbloc_ivr.csv)
   • param-file “Input ficheterrain.csv”: input (ficheterrain.csv)

2. Cliquer sur Execute (cela peut prendre quelques minutes à traiter c’est normal si vous devez attendre un peu surtout si votre connexion internet est faible)

3. Trois sorties apparaîtront dans votre panneau d’historique à droite.

4. Visualisation de graphiques
   • Une fois que les jeux de données sont affichés en vert dans l’historique, cliquer sur IVR plot
   • Puis, cliquer sur l’icone galaxy-eye (oeil) de votre fichier de sortie dans l’historique.

L’inforamtion est affichée dans le panneau du milieu

<figcaption>Figure 8: IVR for Bilfot</figcaption>

Astuce: Rechercher les résultats de votre site

1. En haut du panneau Historique (à droite) allez sur le champ de recherche
2. Tapez le nom de votre site (par exemple “Bilfot”)
3. Si rien ne s’affiche, cliquez sur show hidden (juste sous le nom de l’historique dans le panneau Historique)

Pour vos rapports, vous pouvez télécharger ceux que vous souhaitez. Vous ne pourrez pas les visualiser directement sur le panneau central Galaxy car le format docx n’est pas pris en charge !

1. Téléchargement des résultats

• Cliquez sur la sortie qui vous intéresse par exemple Rapports
• Cliquez sur galaxy-save (télécharger)

Calcul du coefficient de dissimilarité pour chaque site

Dissimilarité

Nettoyez vos données, puis calculez le coefficient de dissimilarité. Utiliser l’outil Dissimilarity Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/ecology/cb_dissim/cb_dissim/0.0.0

En pratique: Calculer des index de dissimilarité

1. Dissimilarity Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/ecology/cb_dissim/cb_dissim/0.0.0 avec les paramètres suivants:
   • param-file “Input champbloc_qecb.csv”: input (champbloc_qecb.csv)

   • param-file “Input ficheterrain.csv”: input (ficheterrain.csv)

   • param-select “Do you have data after the year 2021 ?”: No
   • param-text “Until when do you have data (write only the YEAR) ?”: 2021

2. Cliquer sur Execute (cela peut prendre quelques minutes à traiter c’est normal si vous devez attendre un peu surtout si votre connexion internet est faible)

3. Visualisation des graphiques
   • Une fois que les jeux de données sont affichés en vert dans l’historique, choisissez les figures que vous souhaitez visualiser.
   • Puis, cliquer sur l’icone galaxy-eye (oeil) de votre fichier de sortie dans l’historique.

Les informations sont affichées dans le panneau central

<figcaption>Figure 9: dissimilarité des faces sup et inf</figcaption>

<figcaption>Figure 10: dissimilarité des blocs fixes et mobiles</figcaption>

1. Téléchargez vos résultats

• Cliquez sur la sortie qui vous intéresse
• Cliquez sur galaxy-save (download)

Conclusion

Voilà, vous avez terminé votre étude sur l’état de la biodiversité de vos champs blocs.

Points clés

• Indicateurs de diversité

• Champs de Blocs

Questions fréquentes

Useful literature

Further information, including links to documentation and original publications, regarding the tools, analysis techniques and the interpretation of results described in this tutorial can be found here.

Retours

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Comment citer ce tutorial

1. Marie Josse, Yvan Le Bras, Production d'indicateurs champs de bloc (Galaxy Training Materials). https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/ecology/tutorials/champs-blocs/tutorial_FR.html Online; accessed TODAY
2. Hiltemann, Saskia, Rasche, Helena et al., 2023 Galaxy Training: A Powerful Framework for Teaching! PLOS Computational Biology 10.1371/journal.pcbi.1010752
3. Batut et al., 2018 Community-Driven Data Analysis Training for Biology Cell Systems 10.1016/j.cels.2018.05.012

BibTeX

@misc{ecology-champs-blocs,
author = "Marie Josse and Yvan Le Bras",
	title = "Production d'indicateurs champs de bloc (Galaxy Training Materials)",
	year = "",
	month = "",
	day = ""
	url = "\url{https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/ecology/tutorials/champs-blocs/tutorial_FR.html}",
	note = "[Online; accessed TODAY]"
}
@article{Hiltemann_2023,
	doi = {10.1371/journal.pcbi.1010752},
	url = {https://doi.org/10.1371%2Fjournal.pcbi.1010752},
	year = 2023,
	month = {jan},
	publisher = {Public Library of Science ({PLoS})},
	volume = {19},
	number = {1},
	pages = {e1010752},
	author = {Saskia Hiltemann and Helena Rasche and Simon Gladman and Hans-Rudolf Hotz and Delphine Larivi{\`{e}}re and Daniel Blankenberg and Pratik D. Jagtap and Thomas Wollmann and Anthony Bretaudeau and Nadia Gou{\'{e}} and Timothy J. Griffin and Coline Royaux and Yvan Le Bras and Subina Mehta and Anna Syme and Frederik Coppens and Bert Droesbeke and Nicola Soranzo and Wendi Bacon and Fotis Psomopoulos and Crist{\'{o}}bal Gallardo-Alba and John Davis and Melanie Christine Föll and Matthias Fahrner and Maria A. Doyle and Beatriz Serrano-Solano and Anne Claire Fouilloux and Peter van Heusden and Wolfgang Maier and Dave Clements and Florian Heyl and Björn Grüning and B{\'{e}}r{\'{e}}nice Batut and},
	editor = {Francis Ouellette},
	title = {Galaxy Training: A powerful framework for teaching!},
	journal = {PLoS Comput Biol} Computational Biology}
}

                   

Galaxy Administrators: Install the missing tools

You can use Ephemeris's shed-tools install command to install the tools used in this tutorial.

shed-tools install [-g GALAXY] [-a API_KEY] -t <(curl https://training.galaxyproject.org/training-material/api/topics/ecology/tutorials/champs-blocs/tutorial.json | jq .admin_install_yaml -r)

Alternatively you can copy and paste the following YAML

---
install_tool_dependencies: true
install_repository_dependencies: true
install_resolver_dependencies: true
tools:
- name: cb_dissim
  owner: ecology
  revisions: 8dc082da41c1
  tool_panel_section_label: Ecology
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
- name: cb_div
  owner: ecology
  revisions: 5b31641e6d30
  tool_panel_section_label: Ecology
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
- name: cb_ivr
  owner: ecology
  revisions: bcbad4f83dec
  tool_panel_section_label: Ecology
  tool_shed_url: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/