Production d'indicateurs champs de bloc

Description générale
Creative Commons License: CC-BY Questions:
  • Quel est l’état écologique et de la pression de la pêche à pied sur l’habitat « champs de blocs médiolittoraux » ?

  • Est-il possible de calculer des indicateurs de biodiversité et de produire des graphes et rapports à partir des données Estamp “champs de bloc” ?

Objectifs:
  • Calcul de l’indice IVR (Visual Rollover Indicator)

  • Calcul de l’indice de dissimilarité

  • Visualisation de quelques indices de diversité

Pré-requis:
Durée estimée: 1 Heure
supports:
Published: Mar 21, 2023
Dernière modification: Jan 27, 2024
Licence: Le Framework GTN est sous licence MIT Creative Commons Attribution 4.0 International License. The GTN Framework is licensed under MIT
version Revision: 20

Ce tutoriel vous permettra de mieux appréhender le workflow des indicateurs “champs de blocs”. Cela vous aidera à comprendre les effets des changements globaux et locaux sur les habitats marins, et l’efficacité des mesures de gestion adoptées, nécessite un suivi standardisé et des indicateurs robustes et sensibles reflétant l’état des habitats.

L’habitat “champs de blocs médiolittoraux” abrite une grande diversité de micro-habitats et d’espèces en raison de sa forte hétérogénéité structurelle et de sa position intermédiaire sur l’estran, ce qui en fait l’un des habitats médiolittoraux les plus diversifiés et d’un grand intérêt écologique le long de la Manche. -Côte atlantique. C’est aussi un habitat très attractif pour la pêche récréative qui, par le remaniement des blocs, peut impacter les communautés. Ainsi, l’habitat « champs de blocs médiolittoraux » a fait l’objet de plusieurs initiatives nationales et locales (dont LIFE+ « Expérimentation pour une gestion durable et concertée de la pêche à pied de loisir en France » 2013-2017) pour mieux évaluer son état et le mettre en relation avec la pression de la pêche à pied en vue d’adapter la gestion locale, notamment à travers le réseau des Aires Marines Protégées (Natura 2000, PNM, PNR etc.).

Ces projets ont notamment permis de développer un réseau d’acteurs et de gestionnaires de terrain impliqués et des outils d’évaluation de l’état écologique et de la pression de la pêche à pied :

  • le Visual Boulder Turning Indicator (VTI), qui s’apparente à un indicateur « paysage » pour évaluer la pression de pêche sur la base de critères architecturaux ;
  • le Boulder Field Ecological Quality Index (BFEQ) - objet de ce rapport - basé sur des variables biotiques et abiotiques qui répondent à la perturbation “blocs retournés”.

Ici, nous allons passer en revue les différentes étapes afin d’obtenir ces 2 indicateurs et plus encore.

Agenda: Dans ce tutoriel, nous allons couverir:
  1. Centraliser les données
  2. Calcul de l’indicateur visuel de retournement de blocs pour chaque site
    1. IVR
  3. Calcul du coefficient de dissimilarité pour chaque site
    1. Dissimilarité
  4. Conclusion

Vous pouvez quitter le didacticiel et aller vous prélasser sur l’écran principal en cliquant en dehors de l’écran du didacticiel. Vous pouvez revenir à tout moment là où vous avez laissé le didacticiel en cliquant sur level.

En pratique: Se connecter à Galaxy
  1. Ouvrez votre navigateur internet préféré (Chrome, Safari ou Firefox, s’il vous plaît, pas Edge ;) !!!)
  2. Rendez-vous sur votre instance Galaxy
  3. Se connecter ou s’enregistrer
Capture d'écran de l'interface Galaxy avec le bouton d'enregistrement ou de connexion en surbrillance. Open image in new tab

Figure 1: Galaxy homepage

Cette capture d’écran présente l’instance Galaxy Ecology, accessible à l’adresse usegalaxy.eu

La page d’acceuil de Galaxy est divisée en 3 parties:

  • Les outils sur la gauche
  • La panneau de visualisation au milieu
  • L’historique des analyses et l’ensemble des fichiers utilisés et générés sur la droite
Capture d'écran de l'interface Galaxy, le panneau des outils est à gauche, le panneau principal est au centre et l'historique est à droite.Open image in new tab

Figure 2: Explication de l'interface Galaxy

La première fois que vous utiliserez Galaxy, il n’y aura aucun fichier dans votre panneau d’historique.

Concentrons-nous maintenant sur notre workflows d’analyse sur l’état écologique de champ de blocs

workflows d'analyse sur l'état écologique du champ de blocs. Open image in new tab

Figure 3: Workflow

Centraliser les données

Hands-on: Choisissez votre propre tutoriel

Il s'agit d'une section "Choisissez votre propre didacticiel", où vous pouvez choisir entre plusieurs chemins. Cliquez sur l'un des boutons ci-dessous pour sélectionner la manière dont vous souhaitez suivre le didacticiel

Vos données ESTAMP sont prêtes ?

  1. Télécharger les données depuis la base ESTAMP estamp.afbiodiversite.fr puis rendez-vous dans l’espace “accédez aux données” en bas à droite de la page. Après aplication des critères de filtre, vous obtenez une archive zip.

  2. Dézipper le dossier. Dans le dossier, il y a 3 fichiers .csv qui vont nous intéresser :

    • champbloc_ivr.csv
    • champbloc_qecb.csv
    • ficheterrain.csv
En pratique: Télerversement des données dans Galaxy
  1. Importer les données dans Galaxy
  • Ouvrir l’outil Galaxy de téléversement de données galaxy-upload
  • Sélectionner Choose local files
    Choisir les fihiers en local. Open image in new tab

    Figure 4: téléverser vos données
  • Naviguez dans votre ordinateur et récupérez vos fichiers ESTAMP (sélectionnez les trois fichiers mentionnés précédemment : champbloc_ivr.csv, champbloc_qecb.csv et ficheterrain.csv)

  • Cliquer sur Start
    Commencer à charger vos données. Open image in new tab

    Figure 5: Lancer le chargement des données
  • Cliquer sur Close
    Fermer la fenêtre de téléversement de données. Open image in new tab

    Figure 6: Fermer

    Vous devez attendre que les données de votre historique s’affichent en couleur verte sur le panneau de droite avant de pouvoir les utiliser.

    Jeux de données prêts à être utilisés. Open image in new tab

    Figure 7: Jeux de données prêts

Créez un nouvel historique pour ce tutoriel et donnez-lui un nom (exemple : “Indicateurs de blocs de champs”) pour que vous puissiez le retrouver plus tard si besoin.

Click the new-history icon at the top of the history panel:

UI for creating new history

Calcul de l’indicateur visuel de retournement de blocs pour chaque site

Basé sur la proportion de blocs « tournés » et « non tournés », cet indicateur varie de 0 à 5 et peut être rapidement utilisé.

En pratique: Utilisation 'un outil Galaxy
  1. cliquer sur le lien de l’outil IVR ( Galaxy version 0.0.0) ou taper ivr dans le module de recherche du panneau d’outils (en haut à gauche) L’outil sera affiché dans le panneau central Galaxy.

IVR

Rendez-vous sur le formulaire de l’outil IVR

En pratique: Calculer l'indice IVR
  1. IVR ( Galaxy version 0.0.0) avec ces paramètres :
    • param-file “Input champbloc_ivr.csv”: input (champbloc_ivr.csv)
    • param-file “Input ficheterrain.csv”: input (ficheterrain.csv)
  2. Cliquer sur Execute (cela peut prendre quelques minutes à traiter c’est normal si vous devez attendre un peu surtout si votre connexion internet est faible)

  3. Trois sorties apparaîtront dans votre panneau d’historique à droite.

  4. Visualisation de graphiques
    • Une fois que les jeux de données sont affichés en vert dans l’historique, cliquer sur IVR plot
    • Puis, cliquer sur l’icone galaxy-eye (oeil) de votre fichier de sortie dans l’historique.

L’inforamtion est affichée dans le panneau du milieu

IVR. Open image in new tab

Figure 8: IVR for Bilfot
  1. En haut du panneau Historique (à droite) allez sur le champ de recherche
  2. Tapez le nom de votre site (par exemple “Bilfot”)
  3. Si rien ne s’affiche, cliquez sur show hidden (juste sous le nom de l’historique dans le panneau Historique)

Pour vos rapports, vous pouvez télécharger ceux que vous souhaitez. Vous ne pourrez pas les visualiser directement sur le panneau central Galaxy car le format docx n’est pas pris en charge !

  1. Téléchargement des résultats
  • Cliquez sur la sortie qui vous intéresse par exemple Rapports
  • Cliquez sur galaxy-save (télécharger)

Calcul du coefficient de dissimilarité pour chaque site

Dissimilarité

Nettoyez vos données, puis calculez le coefficient de dissimilarité. Utiliser l’outil Dissimilarity ( Galaxy version 0.0.0)

En pratique: Calculer des index de dissimilarité
  1. Dissimilarity ( Galaxy version 0.0.0) avec les paramètres suivants:
    • param-file “Input champbloc_qecb.csv”: input (champbloc_qecb.csv)
    • param-file “Input ficheterrain.csv”: input (ficheterrain.csv)

    • param-select “Do you have data after the year 2021 ?”: No
    • param-text “Until when do you have data (write only the YEAR) ?”: 2021
  2. Cliquer sur Execute (cela peut prendre quelques minutes à traiter c’est normal si vous devez attendre un peu surtout si votre connexion internet est faible)

  3. Visualisation des graphiques
    • Une fois que les jeux de données sont affichés en vert dans l’historique, choisissez les figures que vous souhaitez visualiser.
    • Puis, cliquer sur l’icone galaxy-eye (oeil) de votre fichier de sortie dans l’historique.

Les informations sont affichées dans le panneau central

Dissim fs fi. Open image in new tab

Figure 9: dissimilarité des faces sup et inf
Dissim bf bm. Open image in new tab

Figure 10: dissimilarité des blocs fixes et mobiles
  1. Téléchargez vos résultats
  • Cliquez sur la sortie qui vous intéresse
  • Cliquez sur galaxy-save (download)

Conclusion

Voilà, vous avez terminé votre étude sur l’état de la biodiversité de vos champs blocs.