name: inverse layout: true class: center, middle, inverse <div class="my-header"><span> <a href="/archive/2021-10-01/topics/introduction" title="Return to topic page" ><i class="fa fa-level-up" aria-hidden="true"></i></a> <a class="nav-link" href="https://github.com/galaxyproject/training-material/edit/2021-10-01/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/slides.html"><i class="fa fa-pencil" aria-hidden="true"></i></a> </span></div> <div class="my-footer"><span> <img src="/archive/2021-10-01/assets/images/GTN-60px.png" alt="Galaxy Training Network" style="height: 40px;"/> </span></div> --- <img src="/archive/2021-10-01/assets/images/GTN.png" alt="Galaxy Training Network" class="cover-logo"/> # Una Breve Introducción a Galaxy <div class="contributors-line"> <a href="/archive/2021-10-01/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann" alt="Avatar">Saskia Hiltemann</a> <a href="/archive/2021-10-01/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena" alt="Avatar">Helena Rasche</a> <a href="/archive/2021-10-01/hall-of-fame/npalopoli/" class="contributor-badge"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/npalopoli" alt="Avatar">npalopoli</a> </div> <div class="footnote" style="bottom: 3em;"><i class="far fa-calendar" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">last_modification</span> Updated: Sep 21, 2021</div> <div class="footnote" style="bottom: 2em;">Or view the <a href="slides-plain.html">plain-text slides without JS</a></div> <div class="footnote" style="bottom: 1em;">Tip: press <kbd>P</kbd> to view the presenter notes</div> ??? Presenter notes contain extra information which might be useful if you intend to use these slides for teaching. Press `P` again to switch presenter notes off Press `C` to create a new window where the same presentation will be displayed. This window is linked to the main window. Changing slides on one will cause the slide to change on the other. Useful when presenting. --- ### <i class="far fa-question-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">question</span> Questions - ¿Qué es Galaxy? - ¿Por qué debería usar Galaxy? - ¿Cómo uso Galaxy? - ¿Cómo puedo conectarme con la Comunidad Galaxy? --- # ¿Qué es Galaxy? ??? ¿Qué es Galaxy? ---  ** *Análisis* de datos intensivos para todos** .pull-left[ - Plataforma para **Análisis de Datos** - Basado en la Web - **Fácil** de usar - **Gratis** y de Código Abierto - Muchas herramientas (~8000) - Popular (&gt;10.000 [publicaciones](https://www.zotero.org/groups/1732893/galaxy)) - Extensos [tutoriales](https://training.galaxyproject.org) disponibles ] .pull-right[  <!-- https://pixy.org/3013900/ CC0 license--> ] .footnote[Página principal: [galaxyproject.org](https://galaxyproject.org)] ??? - Galaxy es una plataforma web para el análisis de datos. - Es fácil de usar y completamente gratis. - Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas para análisis. - Galaxy se usa extensamente. Actualmente tiene más de diez mil publicaciones. --- # ¿Por qué usar Galaxy? - Es **fácil**! - No se necesita instalación, solamente un navegador. - No hay comandos complejos, ¡simplemente apunta y haz clic! - Es **reproducible** - Galaxy mantiene un registro de los detalles del análisis. - **Multidisciplinar**: bioinformática, química, ecología, climatología, ..  ??? - Análisis de datos puede ser muy complejo. - Muchas veces requiere conocimiento especializado de programación o habilidades en la interfaz de línea de comandos. - Galaxy facilita el trabajo proveyendo una interfaz gráfica de usuario para herramientas populares en análisis de datos. - Galaxy se basa en la web. Esto significa que no tienes que instalar nada, solamente abre tu navegador y accede a Galaxy. - Galaxy apoya muchas disciplinas científicas diferentes. --- # ¿Cómo uso Galaxy? ??? - ¿Cómo uso Galaxy? --- # Encontrar un servidor de Galaxy - **Las Tres Grandes**: Galaxy Principal ([usegalaxy.org](https://usegalaxy.org)), Galaxy Europa ([usegalaxy.eu](https://usegalaxy.eu)), Galaxy Australia ([usegalaxy.org.au](https://usegalaxy.org.au)) .image-75[] - Existen muchos más servidores de Galaxy dedicados a ámbitos específicos (125+) - Lista de todas los servidores públicos de Galaxy: [galaxyproject.org/use](https://galaxyproject.org/use/) ??? - Hay tres servidores principales. Son Galaxy Principal, Galaxy Europa, y Galaxy Australia. - Estas tres Galaxies tienen los equipos más grandes detrás de ellos, y ofrecen la mayoría de las herramientas y recursos. - Puedes acceder a una cuenta gratis en cualquiera de estos servidores. - Además, hay muchos servidores más pequeños donde elegir. - Muchos de ellos se dedican a una disciplina. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se enfoca en las herramientas y workflows de la proteómica. --- # La interfaz de Galaxy - Los tres paneles principales - **Izquierdo:** Herramientas disponibles - **Centro:** Ver tus datos y ejecutar una herramienta - **Derecho:** Registro completo de tus análisis **historia**  ??? - La interfaz para el usuario de Galaxy consiste en tres partes principales. - A izquierda, se muestra la lista de herramientas disponibles. - En el panel central ejecutarás tus herramientas de análisis y verás tus datos y resultados. - A la derecha hay un registro completo de la historia de tus análisis. --- # Cargar datos .pull-left[ - Cargar desde **tu ordenador** - Importar archivos **desde enlace URL** - Importar desde **almacenajes de datos públicos** - UCSC, NCBI, ENA, muchos más.. ] .pull-right[  ] ??? - El primer paso de un análisis es cargar tus datos en Galaxy. - Esto se puede hacer de varias maneras. - Puedes cargar archivos desde tu ordenador. - O puedes usar un enlace URL, y Galaxy descargará los datos desde allí. - Aún más, Galaxy puede importar datos directamente de varios almacenajes de datos en línea, por ejemplo UCSC, NCBI, y muchos más. --- # Historia .pull-left[ - Archivos aparecen en tu **historia** - Tres botones - <i class="far fa-eye" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-eye</span> **Ver** el archivo - <i class="fas fa-pencil-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-pencil</span> **Editar atributos** - p.ej. cambiar nombre - <i class="fas fa-times" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-cross</span> **Borrar archivo** - Hacer clic para **expandir** - información sobre el archivo - formato, tamaño ... - vista previa del archivo - opciones del archivo - descargar, visualizar ... ] .pull-right[  ] ??? - Todos los archivos que cargas aparecerán en tu historia. - Hay tres botones en cada conjunto de datos en tu historia. - El icono del ojo te deja ver el conjunto de datos. Esto aparecerá en el panel central de Galaxy. - El icono del lápiz te deja editar los atributos del archivo. Por ejemplo puedes cambiar el nombre del archivo aquí. - El icono de la equis te deja borrar el conjunto de datos de tu historia. - Puedes hacer clic para expandir el conjunto de datos. Esto dará más información y opciones. --- # Encontrar una herramienta .pull-left[ - Explorar las secciones del panel de herramientas - Teclear un nombre en el campo **Buscar herramientas** ] .pull-right[  ] <br> - <i class="far fa-star" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-star</span> **Star** (añadir una estrella) a tus herramientas favoritas para encontrarlas más fácilmente.  ??? - Después de cargar tus datos, estás listo para ejecutar herramientas. - Puedes encontrar herramientas explorando la lista a la izquierda. - Si ya conoces el nombre de la herramienta que quieres usar, puedes teclearlo en el campo de búsqueda que se ubica en la parte de arriba del panel de herramientas. - Si has encontrado una herramienta que te gusta, puedes añadirla a tus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte de arriba de la herramienta. --- # Ejecutar una herramienta .pull-left[ - Elegir los **archivos de entrada** - Establecer **paramétros** de la herramienta - **Ejecutar** - Debajo del formulario de la herramienta: - Ayuda - Cita de la herramienta ] .pull-right[  ] ??? - Cuando hagas clic en la herramienta, aparecerá en el panel del centro. - Aquí puedes seleccionar tus archivos de entrada e indicar los parámetros para la herramienta. - Luego puedes hacer clic en el botón ‘ejecutar’ para iniciar la herramienta. --- # Resultados del análisis .pull-left[ - Salidas de la herramienta se añaden a la historia - Estados diferentes de los conjuntos de datos - <span style="background-color: lightgrey"> esperando </span>, <span style="background-color: orange"> ejecutando </span>, <span style="background-color: lightgreen">éxito</span>, <span style="background-color: red">fallado</span> - Expandir para más opciones - <i class="far fa-save" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-save</span> **Descargar** conjunto de datos - <i class="fas fa-info-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-info</span> **Información** sobre la ejecución de una herramienta - <i class="fas fa-sync-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-refresh</span> **Recargar** herramienta con los mismos parámetros - <i class="fas fa-chart-bar" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-barchart</span> **Visualizar** conjunto de datos - Conjunto de datos rojo? - <i class="fas fa-bug" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-bug</span> Hacer clic en icono de insecto - ver mensaje de error - enviar reporte de error ] .pull-right[  ] ??? - Los resultados del análisis se añadirán a tu historia. - Verás estos archivos de salida pasando por varios estados. - Cuando un conjunto de datos está en gris, significa que está esperando para ejecutar. - Cuando está amarillo, significa que la herramienta está ejecutando. - Cuando la herramienta termine, las salidas aparecerán verdes si la herramienta se ejecutó con éxito. - Puedes hacer clic en cada artículo en la historia para más información y opciones. - Por ejemplo, puedes descargar el archivo a tu ordenador. - O puedes recargar la herramienta con los mismos parámetros. - También hay una opción para visualizar tus datos. - Si hay un problema con la herramienta, el color se convertirá en rojo. - Puedes hacer clic en el icono del insecto para ver el mensaje de error o enviar un reporte del error a los administradores de Galaxy. --- # Visualizaciones - Galaxy tiene muchas opciones para visualizar los datos  ??? - Galaxy también tiene muchas opciones para visualizar tus conjuntos de datos. - Dependiendo del tipo de datos, habrá diferentes opciones para visualizar. --- # Múltiples Análisis - ¿Empezando un nuevo análisis? Crea una nueva historia <i class="fas fa-plus" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">new-history</span> - Puedes tener tantas historias como quieras - Puedes ver todas tus historias <i class="fas fa-columns" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-history</span> - Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis  ??? - Cuando quieres empezar un nuevo análisis, puedes crear una nueva historia usando el icono del signo más en la parte superior del panel de la historia. - Puedes tener tantas historias como quieras. - Puedes intercambiar fácilmente entre historias. - Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis. --- # Workflows - Ejecutar **análisis extremo a extremo** con un clic  - **Extraer** de una historia - **Construir manualmente** con el editor de workflows - **Importar** un workflow compartido ??? - Los workflows te permiten ejecutar tus análisis fácilmente. - Hay múltiples maneras de crear un workflow. - Los workflows se pueden extraer automáticamente de una historia. - Esto quiere decir que puedes hacer el análisis manualmente solo una vez, y luego repetirlo con diferentes datos de entrada. - Puedes construir workflows a mano usando el editor. - O puedes importar un workflow que alguien ha compartido contigo. --- # Compartir - Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy - Historias, Workflows, y Visualizaciones - Opciones para compartir - Compartir con usuarios específicos - Compartir vía enlace - *Publicar* para hacerlo visible a todos  ??? - Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir. - Puedes compartir tus historias, tus workflows, y tus visualizaciones. - Hay diferentes maneras para compartir tu trabajo. - Lo puedes compartir con usuarios específicos en Galaxy. - O puedes obtener un enlace para compartir con cualquier persona. - Si publicas tu trabajo, será visible a todos. --- # Aprendiendo Galaxy - Material formativo en Galaxy ([training.galaxyproject.org](https://training.galaxyproject.org))  ??? - Si deseas aprender más sobre Galaxy, hay un gran número de tutoriales disponibles. - Estos tutoriales cubren un gran rango de dominios científicos. --- # Obteniendo Ayuda - **Foro de Ayuda** ([help.galaxyproject.org](https://help.galaxyproject.org))  - **Gitter Chat** - [Chat principal](https://gitter.im/galaxyproject/Lobby) - [Galaxy Training Chat](https://gitter.im/Galaxy-Training-Network/Lobby) - Muchos más canales (dominios científicos, desarrolladores y administradores) ??? - Si te bloqueas, hay maneras de conseguir ayuda. - Puedes hacer tus preguntas en el foro de ayuda. - O puedes chatear con la comunidad en Gitter. --- # Únete a un evento - Muchos eventos de Galaxy a través del globo. - Eventos en el horizonte: [galaxyproject.org/events](https://galaxyproject.org/events)  ??? - Hay eventos de Galaxy en todo el mundo, a menudo. - Puedes encontrar eventos próximos en el Horizonte de Eventos de Galaxy. --- ### <i class="fas fa-key" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">keypoints</span> Key points - Galaxy te permite hacer complejos análisis de datos directamente desde tu navegador - Estos análisis son *reproducibles*; Galaxy mantiene registro de todos los detalles de tus análisis - Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa - Hay mucho material de entrenamiento disponible para aprender Galaxy --- ## Thank you! This material is the result of a collaborative work. Thanks to the [Galaxy Training Network](https://training.galaxyproject.org) and all the contributors! <div class="contributors-line"> <a href="/archive/2021-10-01/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann" alt="Avatar">Saskia Hiltemann</a> <a href="/archive/2021-10-01/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena" alt="Avatar">Helena Rasche</a> <a href="/archive/2021-10-01/hall-of-fame/npalopoli/" class="contributor-badge"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/npalopoli" alt="Avatar">npalopoli</a> </div> <img src="/archive/2021-10-01/assets/images/GTN.png" alt="Galaxy Training Network" style="height: 100px;"/> This material is licensed under the <a rel="license" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">Creative Commons Attribution 4.0 International License</a>.