Breve introducción a Galaxy - en español

Overview

Questions
  • ¿Cómo iniciar en Galaxy?

Objectives
  • Aprender a cargar un archivo

  • Aprender a utilizar una herramienta

  • Aprender a visualizar resultados

  • Aprender a revisar historiales

Time estimation: 30 minutes
Level: Introductory
Supporting Materials
Last modification: Jul 1, 2021
License: Tutorial Content is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International License The GTN Framework is MIT

Overview

  • Esta es una breve introducción a la interfaz de usuario de Galaxy - La página web con la que vas a interactuar.
  • En este tutorial vamos a cubrir tareas clave en Galaxy: cargar archivos, uso de herramientas y visualización de historiales.

Agenda

  1. ¿Qué aspecto tiene Galaxy?
  2. Acciones clave en Galaxy
    1. Nombra tu historial actual
    2. Cargar un archivo
    3. Utilizar una herramienta
    4. Visualización de resultados
    5. Ejecutar otra herramienta
    6. Volver a ejecutar la herramienta con otros parámetros
    7. Crear un nuevo historial
    8. Visualiza todos tus historiales

¿Qué aspecto tiene Galaxy?

hands_on Práctica: Iniciar sesión en Galaxy

  1. Abre tu navegador favorito (usa Chrome, Safari o Firefox, pero no Internet Explorer!)
  2. Navega hasta tu instancia de Galaxy
  3. Inicia sesión o regístrate

login

comment Diferentes servidores Galaxy

Esta es una imagen de Galaxy Australia, situado en usegalaxy.org.au

El servidor de Galaxy que estás usando podría lucir un poco distinto y tener otra dirección web:

También puedes encontrar otros servidores de Galaxy en la parte superior de este tutorial en Available on these Galaxies

La página de inicio de Galaxy está dividida en tres paneles:

  • Herramientas a la izquierda
  • Panel de visualización en el centro
  • Historial de análisis y archivos a la derecha

galaxy overview screenshot

La primera vez que uses Galaxy, no encontrarás archivos en tu panel de historial.

Acciones clave en Galaxy

Nombra tu historial actual

Tu “Historial” está en el panel de la derecha.

hands_on Práctica: Nombrar historial

  1. Ve al panel History (a la derecha)
  2. Haz clic en el nombre del historial (que por defecto es “Unnamed history”)

    name history

  3. Teclea el nuevo nombre, por ejemplo, “Mi-Analisis”
  4. Presiona Enter en tu teclado para guardar

comment ¿Cambiar el nombre no funciona?

Si cambiar el nombre no funciona, es posible que no hayas iniciado sesión, trata de iniciar sesión en Galaxy primero. Los usuarios anónimos tienen permitido tener un solo historial y no pueden cambiarle el nombre.

Cargar un archivo

Tus herramientas están en el panel de la izquierda.

hands_on Práctica: Cargar un archivo desde una dirección URL

  1. En la parte superior del panel Tools (a la derecha), haz clic en galaxy-upload Upload

    upload button

    Se desplegará el siguiente cuadro:

    filebox

  2. Haz clic en Paste/Fetch data
  3. Pega la dirección de un archivo:

     https://zenodo.org/record/582600/files/mutant_R1.fastq
    
  4. Haz clic en Start
  5. Haz clic en Close

Tu archivo aparece ahora en tu historial actual. Cuando el archivo se haya cargado en Galaxy, aparecerá en color verde.

comment Comentario

Después de esto, podrás ver tu primer elemento del historial (llamado “dataset”) en el panel derecho de Galaxy. Pasará de color gris (preparando/en cola) a amarillo (ejecutando) y luego a verde (cargado exitosamente)

¿Qué es un archivo?

hands_on Práctica: Visualizar el contenido de un conjunto de datos

  1. Haz clic en el icono galaxy-eye (ojo) junto al nombre del conjunto de datos para visualizar su contenido

    eye

El contenido del archivo se desplegará en el panel central de Galaxy.

Este archivo contiene lecturas de secuenciación de ADN bacteriano en formato FASTQ:

fastq

Utilizar una herramienta

Echemos un vistazo a la calidad de las lecturas de este archivo

hands_on Práctica: Utilizar una herramienta

  1. Teclea FastQC en el cuadro de búsqueda del panel de herramientas (parte superior)
  2. Haz clic en la herramienta FastQC Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/fastqc/fastqc/0.72

    La herramienta se desplegará en el panel central de Galaxy.

  3. Selecciona los siguientes parámetros:
    • param-file “Short read data from your current history”: el archivo en formato FASTQ que cargamos
    • Deja sin cambios el resto de los parámetros
  4. Haz clic en Execute

La herramienta se ejecutará y dos nuevos archivos de salida aparecerán en la parte superior de tu panel de historial.

Visualización de resultados

Vamos a ver el archivo de salida llamado FastQC on data 1: Webpage.

comment Comentario

  • Observa que Galaxy ha nombrado este conjunto de datos usando como base el nombre de la herramienta con que se generó (“FastQC”) y el archivo de entrada (“data 1”)
  • El nombre “data 1” significa que la salida corresponde al conjunto de datos número 1 en el historial actual de Galaxy (nuestro archivo FASTQ).

hands_on Práctica: Visualización de resultados

  • Haz clic en el icono galaxy-eye (ojo) junto a la salida “Webpage”.

    La información se desplegará en el panel central

    fastqc-out

Esta herramienta resume la información de calidad de todas las lecturas en nuestro archivo FASTQ.

question Preguntas

  1. ¿Cuál es la longitud de las lecturas en nuestro archivo FASTQ?
  2. ¿Estas lecturas tienen valores de calidad más altos en el la región central de la secuencia o en los extremos?

solution Respuestas

  1. 150 bp
  2. En el centro

Ejecutar otra herramienta

Vamos a ejecutar otra herramienta para filtrar las lecturas de baja calidad de nuestro archivo FASTQ.

hands_on Práctica: Ejecutar otra herramienta

  1. Teclea Filter by quality en el cuadro de búsqueda del panel de herramientas (parte superior)
  2. Haz clic en la herramienta Filter by quality Tool: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/fastq_quality_filter/cshl_fastq_quality_filter/1.0.1
  3. Selecciona los siguientes parámetros:
    • param-file “Input FASTQ file”: Nuestro archivo inicial el formato FASTQ
    • “Quality cut-off”: valor de corte de calidad = 35
    • “Minimum percentage”: Porcentaje de bases en la secuencia que debe tener calidad mayor o igual al valor de corte de calidad = 80
  4. Haz clic en Execute

Una vez que la herramienta se ha ejecutado, los archivos de salida aparecerán en la parte superior de tu panel de historial.

  • El conjunto de datos de salida se llamará “Filter by quality on data 1”.
  • Recuerda que Galaxy nombra el archivo de salida de acuerdo a la herramienta utilizada (“Filter by quality”) y al conjunto de datos de entrada (“data 1”).
  • Los números que aparecen frente a los conjuntos de datos en el historial no son importantes.

¿Cuáles son los resultados de esta herramienta de filtrado?

Podríamos hacer clic en el icono del ojo para ver el contenido de este archivo de salida, pero no será muy informativo, solo veremos una lista de lecturas.

hands_on Práctica: Obtener metadatos de un archivo

  1. Haz clic en el nombre de un conjunto de datos de salida en el panel de historial.

    Esta acción expandirá la información que se tenga sobre el archivo.

    filter1

question Pregunta

¿Cuántas lecturas han sido descartadas?

solution Respuesta

Se descartaron 1786 lecturas de baja calidad

Volver a ejecutar la herramienta con otros parámetros

Ahora hemos decidido que nuestro conjunto de datos de entrada tiene que ser filtrado usando un criterio de calidad aún más estricto. Vamos a cambiar los parámetros de filtrado y volveremos a ejecutar la herramienta.

hands_on Práctica: Volver a ejecutar la herramienta

  1. Haz clic en el icono galaxy-refresh (Run this job again) para el set de datos de salida Filter by quality tool

    rerun

    La interfaz de la herramienta aparecerá en el panel central con los valores de parámetros que utilizamos previamente para generar este set de datos

  2. Cambia los parámetros para un filtrado más estricto

    Por ejemplo, podrías decidir que el 80 por ciento de las bases tengan una calidad de 36 o superior, en lugar de 35.

  3. Haz clic en Execute
  4. Visualiza los resultados: Haz clic en el nombre del conjunto de datos de salida para expandir la información. (Nota: No uses el icono galaxy-eye (ojo))

question Preguntas

¿Cuántas lecturas fueron descartadas bajo estas nuevas condiciones de filtrado?

Puedes volver a ejecutar la herramienta varias veces cambiando los parámetros. Cada vez que vuelvas a ejecutar la herramienta, el nuevo conjunto de datos de salida aparecerá en la parte superior de tu historial actual.

Crear un nuevo historial

Vamos a crear un historial nuevo.

hands_on Práctica: Nuevo historial

  1. Crear un nuevo historial

    Tip: Creating a new history

    Click the new-history icon at the top of the history panel.

    If the new-history is missing:

    1. Click on the galaxy-gear icon (History options) on the top of the history panel
    2. Select the option Create New from the menu
  2. Cambiar el nombre de tu historial, e.g. “Nuevo-Analisis”

    Tip: Renaming a history

    1. Click on Unnamed history (or the current name of the history) (Click to rename history) at the top of your history panel
    2. Type the new name
    3. Press Enter

Este nuevo historial todavía no tiene datos.

Visualiza todos tus historiales

¿Dónde está tu primer historial llamado “Mi-Analisis”?

hands_on Práctica: Visualizar historiales

  1. Haz clic en el icono View all histories (galaxy-columns) en la parte superior derecha de tu historial

    view-hist

    Aparecerá una nueva página donde se desplegarán todos tus historiales.

  2. Copia un conjunto de datos a tu historial nuevo
    1. Haz clic en el archivo FASTQ en el historial “Mi-Analisis”
    2. Arrastralo al historial “Nuevo-Analisis”

    Esto generará una copia del conjunto de datos en tu historial nuevo (sin utilizar espacio de disco adicional)

  3. Haz clic en el icono galaxy-home (o en Analyze Data en versiones anteriores de Galaxy) en la parte superior para regresar a la ventana de análisis
Copy a dataset between histories
Figure 1: Copia un conjunto de datos arrastrándolo de un historial a otro

Tu ventana principal de Galaxy mostrará el historia actual como “Nuevo-Analisis” y contendrá un conjunto de datos.

Puedes regresar a la página “View all histories” en cualquier momento para cambiar de historial.

Conclusion

trophy ¡Bien hecho! Has completado el tutorial de Breve introducción a Galaxy, donde aprendiste a nombrar un historial, cargar un archivo, utilizar una herramienta y visualizar los resultados. Hay tutoriales adicionales disponibles para una introducción más detallada a las funciones de Galaxy.

Key points

  • La interfaz gráfica de Galaxy tiene las herramientas a la izquierda, el panel de visualización en el centro, y el historial de análisis de tus datos a la derecha.

  • Puedes crear un historial nuevo en cada análisis. Todos tus historiales serán guardados.

  • Para subir datos a Galaxy, puedes cargar un archivo pegando la dirección de una página web. Existen otras formas de subir datos a Galaxy (que no serán cubiertas en este tutorial): cómo cargar un archivo desde tu computadora e importar un historial completo.

  • Selecciona una herramienta y cambia cualquier configuración para tu análisis.

  • Ejecuta la herramienta. Los archivos de salida se guardarán en la parte superior de tu historial.

  • Visualiza los archivos de salida haciendo clic en el icono del ojo.

  • Visualiza todos tus historiales y mueve archivos entre ellos. Cambia a un historial diferente.

  • Termina sesión en tu servidor de Galaxy. Cuando vuelvas a iniciar sesión (en el mismo servidor), tus historiales estarán allí.

Frequently Asked Questions

Have questions about this tutorial? Check out the FAQ page for the Introduction to Galaxy Analyses topic to see if your question is listed there. If not, please ask your question on the GTN Gitter Channel or the Galaxy Help Forum

Feedback

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Citing this Tutorial

  1. Anna Syme, Patricia Carvajal López, Alejandra Escobar-Zepeda, 2021 Breve introducción a Galaxy - en español (Galaxy Training Materials). https://training.galaxyproject.org/archive/2021-09-01/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/tutorial_ES.html Online; accessed TODAY
  2. Batut et al., 2018 Community-Driven Data Analysis Training for Biology Cell Systems 10.1016/j.cels.2018.05.012

details BibTeX

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    title = {Community-Driven Data Analysis Training for Biology},
    journal = {Cell Systems}
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